人気漫画家・あだち充原作による大ヒットテレビアニメの劇場版シリーズ第3作。高校3年生になった達也と南。達也が甲子園への最後のチャンスをかけて練習に励む一方、南は新体操部をやめて野球部のマネージャー活動を再開することに。そんなある日、入院した西尾監督の代理として柏葉英二郎がやってくる。明青野球部を除名された過去を持つ柏葉は、その恨みを晴らすべく部員たちを鬼のようにしごきはじめる。